Introduction : au Burundi, la gratuité des soins pour les enfants de moins de cinq ans et les femmes enceintes a été introduite en 2006. Elle a été couplée à l’approche de Financement Basé sur la Performance (FBP) à partir de 2010. Le présent article a pour but d’identifier les éléments dans cette réforme du financement du système de santé qui ont contribué à la bonne gouvernance. Méthodes : six critères de bonne gouvernance ont été utilisés comme cadre d’analyse. Les rapports officiels et les publications internationales ont servi comme sources d’information. Résultats : la séparation des fonctions, la transparence dans la gestion et une description minutieuse des procédures administratives ont bien contribué à la bonne gouvernance. Le suivi scrupuleux a permis de prendre plusieurs mesures correctrices. Discussion : des questions demeurent par rapport à l’intégration des programmes verticaux et la pérennité du système vu les coûts considérables dont le financement n’est pas encore entièrement assuré par l’État et ses partenaires.