Contexte 

La Direction des Maladies Infectieuses (DMI) de Santé publique France coordonne la surveillance nationale des maladies infectieuses et l’alerte dans ce domaine. Elle réalise ou participe à des études épidémiologiques descriptives ou analytiques, des projets d’analyse de risque ou de modélisation de la dynamique de la transmission des maladies infectieuses. La Direction est composée d’actuellement d’environ 80 agents et est structurée en quatre unités thématiques : Infections zoonotiques, vectorielles et alimentaires (EAZ) ; Infections associées aux soins et Résistance aux antibiotiques (NOA) ; VIH, Hépatites B&C et IST (VHIT) ; Infections respiratoires et Vaccination (REV). Leurs activités s’articulent étroitement avec celles d’autres directions de l’agence, en particulier la direction Appuis, Traitements et Analyses de données (DATA), la direction des régions (DIRe), la direction Alerte et Crise (DAC) et la direction Prévention et Promotion de la Santé (DPPS).

Pour structurer et développer ses activités de surveillance et investigation des épidémies, la DMI développe depuis plusieurs années une stratégie intégrée pour l’appui à la surveillance microbiologique des maladies infectieuses. Elle repose sur l’animation du réseau des Centres nationaux de référence, la récupération automatisée des données issues des analyses réalisées dans les laboratoires de biologie médicale et déjà structurées au sein de leurs systèmes d’information, et l’intégration des données de séquençage (NGS) aux données épidémiologiques. L’axe concernant la récupération des données issues des laboratoires de biologie médicales était portée depuis 2012 par le système 3-Labos, développé en lien étroit avec la Direction Appui, traitement et Analyse des données (DATA) et qui permet la réception quotidienne des données issues de plusieurs laboratoires de spécialité. Depuis mai 2020, il est complété par le système SI-DEP mis en place dans le cadre de la crise COVID-19 pour centraliser tous les résultats des tests diagnostiques à la recherche de SARS-CoV-2. L’axe concernant l’intégration des données de séquençage est développé depuis plusieurs années en lien avec certains CNR (notamment les CNR Listeria, Salmonelles et Méningocoques) et est complété depuis 2021 par un projet (EMER-GEN) de surveillance génomique du SARS-CoV-2 à des fins de surveillance et de recherche développé en collaboration avec l’ANRS Maladies Infectieuses Emergentes. En parallèle le projet SI-LAB est en cours de construction pour la mise en place d’un entrepôt de données des laboratoires de biologie médical basé sur la récupération de résultats d’examens de biologie médicale dans le champ des maladies infectieuses et non-infectieuses.

Pour accompagner le développement et le suivi de cette stratégie Laboratoires, la DMI a recruté en septembre 2020 une première chargée de projet scientifique. Ce second poste a vocation à compléter ce premier recrutement pour accompagner la montée en charge de ces activités, pour répondre dans un premier temps aux enjeux de la surveillance de la COVID-19 et étendre dans un second temps cette stratégie aux autres maladies infectieuses ou pathologies dès lors que la crise actuelle sera contenue.

Missions / Contenu du poste

La personne recrutée sera rattachée à la Direction de la DMI et exercera ses activités de manière transversale en lien avec les unités de la DMI, les autres directions, notamment la DATA, la DSI et la DIRe et les partenaires extérieurs concernés.

Sous l’autorité du directeur de la DMI et la supervision du chargé de projet déjà recruté pour piloter la Stratégie laboratoires de la DMI, en lien avec les unités de la DMI et les autres directions de l’agence, le chargé de projet aura pour activités :

• De contribuer au projet EMER-GEN (surveillance génomique du SARS-CoV-2) en lien avec les partenaires (ANRS|MIE, Centre National de Référence Virus des infections respiratoires, plateformes de séquençage, Institut français de bioinformatique, laboratoires de biologie) : en particulier suivi hebdomadaire des travaux au sein des différents volets du projet EMER-GEN (organisation des plateformes de séquençage, développement d’un infrastructure bioinformatique et utilisation des données à des fins de santé publique), rédaction des synthèses hebdomadaires concernant l’activité de séquençage nationale, préparation et analyse des résultats des enquêtes Flash ;
• De contribuer au suivi du dossier SI-DEP (système informatisé de surveillance des cas confirmés de COVID-19 diagnostiqués en France, à partir d’une remontée automatisée des résultats d’examens biologiques produits par les laboratoire de biologie médicale de ville et hospitaliers) en lien avec la direction DATA, les équipes de la DMI, la DSI et de la DIRe : interface avec la DATA et la DGS, suivi des tests en intégration, suivi des incidents, participation aux groupes de travail techniques et comité de suivi ;
• De contribuer aux travaux autour du projet SI-LAB concernant la mise en place d’un entrepôt de données des laboratoires de biologie médicale en lien avec les partenaires (biologistes médicaux et leurs représentants ; directions concernées du ministère de la santé – DGOS, DNS, DGS ; sociétés savantes ; …) et les directions de l’agence (DMI, DSET, DMNTT, DATA, DSI, DIRe) : représentation de la direction aux réunions opérationnelles du projet et comité de suivi ;
• De maintenir une veille scientifique et technique sur les technologies et systèmes pouvant appuyer ces activités, en particulier sur les techniques diagnostiques et le séquençage, et de participer aux réunions organisées à ce sujet avec le Centre National de Référence, le Ministère des Solidarités et de la Santé et les autres partenaires de l’agence.

Compétences requises / profil attendu

Docteur en biologie ou ingénieur en biologie ;

Doctorat en sciences ou Master 2 + 3 ans d’expérience ;

Expérience souhaitée dans les activités d’un laboratoire de biologie et le traitement des données qui en sont issues (techniques d’analyse, nomenclature, SI de laboratoire, normes d’échanges…). Une connaissance de l’épidémiologie des maladies infectieuses et de la mise en place / l’animation de dispositifs de surveillance serait un plus.

Aptitudes et compétences : 

Il est attendu pour ce poste : 

- Capacité de travail en partenariat

- Bonnes qualités relationnelles

- Capacité d’animation

- Rigueur scientifique

- Sens de l'organisation et autonomie dans le travail

- Dynamisme 

- Capacités d'anticipation, d'initiative et de décision

- Capacité à se mobiliser dans l’urgence

- Capacités rédactionnelles

- Anglais lu, parlé et écrit ;

- Bonne maîtrise des outils bureautiques (Word, Excel, Outlook, Powerpoint).

Adresser les candidatures (lettre de motivation + CV) en indiquant la référence de l’annonce par courriel :