Contexte  

La surveillance génomique du SARS-CoV-2 est aujourd’hui l’un des piliers de la lutte contre l’épidémie à l’échelle nationale et mondiale.

Santé Publique France et l’ANRS ont mis en place en 2021 un consortium (EMERGEN) pour déployer sur le territoire national un système de surveillance génomique des infections (virales, mais aussi à plus long terme bactériennes, fongiques, parasitaires). Ce consortium associe de nombreux partenaires dont des plateformes de séquençage à haut-débit (en particulier celles du CNR Virus des infections respiratoires) et l’Institut français de bioinformatique ; des capacités locales de séquençage (publiques ou privées) sont aussi mobilisées. La première phase de ce projet (2021-2022) est exclusivement consacrée au SARS-CoV-2. Il intègre des activités de surveillance conduites sous l’égide de Santé publique France, et des activités de recherche conduites sous l’égide de l’ANRS-Maladies Infectieuses Emergentes. 

Les grands axes du projet EMERGEN sont les suivants :

• Identifier la part des différents variants circulant sur le territoire (Enquête Flash) ;
• Détecter d’éventuels nouveaux variants par l’analyse régulière de la base EMERGEN-DB et les caractériser en lien avec le CNR ; classer ces différents variants sous forme d’analyses de risque ;
• Nourrir des projets de recherche à partir de capacités de séquençage renforcées et de données de génomique normalisées, centralisées et partagées.

Missions / Contenu du poste

Dans le cadre de ce projet, un réseau de laboratoires a été mis en place au niveau régional afin de compléter les capacités de séquençage nationales et d’assurer une bonne représentativité de l’activité de séquençage aux différents échelons géographiques (régions, départements) ; ce réseau a aussi pour objectif de mieux cadrer les indications de séquençages conformément aux directives nationales. 

L’épidémiologiste, placé.e sous l’autorité du responsable de la Cellule Régionale, sera en priorité en charge d’animer les travaux de la cellule régionale concernant la surveillance génomique du SARS-CoV-2. A ce titre, il/elle animera le réseau régional de laboratoires, s’assurera de la qualité des données transmises, monitorera les résultats et la diffusion des variants sur le territoire. Il/elle contribuera aux investigations rendues nécessaires en cas d’émergence de nouveaux variants et sera également responsable de la mise en œuvre de la rétro-information nécessaire au bon fonctionnement d’un tel réseau de surveillance. Il/elle assurera enfin le lien entre ces activités régionales et l’équipe en charge de la surveillance des variants du SARS-CoV-2 et de la coordination du projet EMERGEN au niveau du siège de l’agence.

L’épidémiologiste contribuera également, en tant que de besoin, aux autres travaux de la Cellule Régionale portant sur la réponse spécifique apportée dans le cadre du Covid-19. 

Il/elle participera à toute activité entrant dans les missions de l’Agence et dans le champ de ses compétences si cela s’avère nécessaire, en situation d’urgence, de crise ou de nécessité de service. L’agent pourra être amené à participer à d'autres projets en tant que de besoin.

Compétences requises / profil attendu

Formation scientifique Bac + 3 à Bac + 5 en épidémiologie.

Expérience professionnelle souhaitée dans une structure d'épidémiologie ou de santé publique. Expérience souhaitée de gestion de bases de données.

Aptitudes et compétences :  

• Maîtrise de logiciel de statistiques (R, STATA…) ;
• Maîtrise de la gestion de base de données ;

• Maîtrise des méthodes et techniques d’épidémiologie d’intervention ;
• Aptitude à l’animation de réseaux ;
• Rigueur scientifique ;
• Qualités relationnelles, aptitudes au travail d’équipe ;
• Autonomie et esprit d'initiative ;
• Capacités de communication orale et écrite ;
• Pratique des logiciels épidémiologiques et statistiques généralistes.

Adresser les candidatures (lettre de motivation + cv) en indiquant la référence de l’annonce par courriel :