Contexte 

Direction Appui, Traitements et Analyses des données (DATA) / Unité Applications, big data et surveillance syndromique (ABISS)

La Direction Appui, Traitements et Analyses des données (DATA) est une direction assurant l’appui à l’ensemble de l’agence pour le traitement et l’analyse des données. Les activités principales de la direction sont le data-management, l’analyse statistique, la géomatique, la métrologie et l’appui aux applications informatiques. La direction porte également la surveillance syndromique et soutient la conception, la mise en place et l’exploitation des enquêtes. Les données exploitées proviennent de nombreux systèmes de surveillance et d’enquêtes épidémiologiques, portées par l’agence ou par ses partenaires ainsi que de données externes (bases de données médico-administratives, référentiels). La DATA porte 2 programmes (Surveillance syndromique ; Moderniser la collecte, l’analyse et la restitution des données) et comprend une cinquantaine d’agents. Elle est organisée en 3 unités :

• une unité «Applications, big data et surveillance syndromique»,
• une unité «Appui et méthodes pour les études et investigations dans le domaine de la surveillance»,
• une unité «Enquêtes».

Les missions de l’unité « ABISS » s’organisent autour de plusieurs pôles d’activités :

• le soutien aux directions métiers pour l’accès, l’exploitation et l’analyse des bases de données transverses issues de systèmes de surveillance spécifiques (pour des maladies à notification obligatoire ou non), de la surveillance syndromique, de bases médico-administratives, de référentiels, etc. ;
• le soutien aux directions métiers pour le développement métier d’applications informatiques : outils de recueil, d’analyse et/ou de restitution de données ;
• Le pilotage du programme de surveillance syndromique (système de surveillance SurSaUD®) ;
• La mise à disposition des données de l’agence.

L’unité assure une veille méthodologique et technique permettant un soutien de qualité à l’agence ainsi que des permanences hebdomadaires pour assurer la continuité d’activité.

Missions COVID : 

La pandémie de COVID-19 et l’émergence de variants ont souligné la nécessité de renforcer les activités de surveillance moléculaire, entre autres par séquençage, en soutien des activités de surveillance épidémiologique et virologique des infections à SARS-CoV-2.

En France, cette surveillance moléculaire relève des missions du Centre National de Référence (CNR) Virus des infections respiratoires, et est conduite en lien avec Santé publique France, avec les laboratoires du réseau du CNR et le réseau Sentinelles pour la médecine de ville. Cette surveillance a pour objectif un suivi de l'évolution génétique des virus pour identifier l'émergence et la distribution spatio-temporelle de virus présentant des mutations susceptibles d'avoir des conséquences fonctionnelles, comme par exemple l’infectiosité, la contagiosité, la virulence ou l’échappement immunitaire.

Dans ce cadre, le consortium EMERGEN a notamment pour objectif de déployer sur le territoire national un système de surveillance moléculaire des infections à SARS-CoV-2, et ultérieurement d’autres pathogènes infectieux émergents, pour venir en appui transversal des activités de surveillance microbiologique conduites sous l’égide des CNR et de Santé publique France, et des activités de recherche conduites sous l’égide de l’ANRS Maladies Infectieuses Emergentes. Les objectifs principaux sont de décrire et suivre la circulation des variants déjà connus jusqu’à la maille territoriale la plus fine possible, mais aussi de détecter, identifier et ensuite suivre dans les meilleurs délais la circulation de nouveaux variants d’intérêt (c’est-à-dire ceux ayant des conséquences fonctionnelles, en termes de transmissibilité ou de pathogénicité par exemple).

Missions / Contenu du poste

La personne recrutée aura pour missions principales de traiter les données issues de cette surveillance génomique, à son optimisation, à la construction et à la restitution d’indicateurs épidémiologiques. En parallèle, la personne recrutée pourra être amenée à intervenir en soutien à l’exploitation d’autres bases de données gérées par la DATA.

Activités : 

Sous l’autorité du responsable d’unité et en lien étroit avec les équipes de la Direction des Maladies Infectieuses, des partenaires du consortium EMERGEN (notamment les plateformes de séquençage et l’Institut Français de Bioinformatique), de la DATA, de la Direction des Systèmes d’Information, les activités du/de la chargé.e d’analyse et d’expertise seront notamment :  

Assurer la gestion, le traitement et la restitution des données de la base nationale EMERGEN :

• Accompagner le système de gestion des données et des pipelines
• Organiser et préparer les données
• Identifier les possibilités d'acquisition et d’intégration de nouvelles données
• Construire les indicateurs de surveillance (définition, implémentation, interprétation) en R, Python, Jupyter Notebook
• Réaliser des analyses statistiques
• Développer des restitutions automatisées pour des bilans ou points épidémiologiques (RMarkdown)
• Développer des outils pour la restitution des indicateurs : mise à disposition internes et externes (exports, API), outils de visualisation (applications R-Shiny – Dash - Bokeh) et de reporting
• Rédiger des notes méthodologiques pour décrire les traitements réalisés 

Intervenir en soutien sur la gestion, le traitement, l’analyse et la restitution d’autres bases de données gérées par la DATA, pour la surveillance de l’épidémie de COVID-19 :

• Appariement avec la base SI-DEP (base des tests biologiques) pour étudier les réinfections confirmées
• Appariement avec la base Vaccin-Covid (base des vaccinations) pour étudier les échecs vaccinaux confirmés, explorer les mutations associées à ces échecs vaccinaux, en complément des études réalisées par l’ANRS et l’ANSM

Contribuer à la détection spatio-temporelle de clusters ;

Contribuer à la réflexion sur la modernisation des outils de data science pour la préparation, l’exploration, le stockage et la restitution des données ;

Contribuer à la valorisation des résultats en lien avec les épidémiologistes et les statisticiens :

• Communiquer des résultats
• Rédiger des bulletins, rapports d’études et d’articles scientifiques.

La personne recrutée participera à la continuité d’activité au travers des permanences hebdomadaires et des astreintes de week-end sur le périmètre de ses activités dans le cadre de l’épidémie de COVID-19.

Compétences requises / profil attendu

Bac +5 dans le domaine du traitement des données, de l’informatique ou des statistiques/data sciences exigé ;

Bac +8 souhaité ;

Aptitudes et compétences : 

Maîtrise de la programmation sous R et/ou Python dans des environnements virtuels (conda),

Connaissances en bases de données relationnelles et en programmation SQL (Postrgre),

Connaissance de l’environnement LINUX (Centos/Ubuntu),

Connaissance d’outils d’ordonnancement (Air Flow / Crontab),

Feature engineering / Data cleaning – cleansing,

Une expérience dans les outils de data visualisation serait un plus.

Il est attendu pour ce poste :

• Grandes compétences numériques et analytiques
• Rigueur scientifique
• Curiosité intellectuelle, esprit d’initiative et autonomie
• Qualités relationnelles, aptitudes élevées à la discussion et au travail d’équipe
• Réactivité, résistance à la pression

Adresser les candidatures (lettre de motivation + CV) en indiquant la référence de l’annonce par courriel :