Contexte  

La direction des régions (DiRe) pilote l’action régionale de l’Agence nationale de santé publique.

Pour assurer la cohérence de ses actions en régions, Santé publique France dispose dans chaque région d’une Cellule régionale composée d’épidémiologistes. Par ce dispositif régional, situé au plus près des enjeux locaux de santé, Santé publique France vise la mise en œuvre d’une approche intégrée de la santé publique en région. Les Cellules régionales de Santé publique France placées auprès des agences régionales de santé (ARS), leur apportent compétences et savoir-faire scientifiques dans le champ de la veille, la surveillance, l’alerte sanitaire et la prévention promotion de la santé pour l’appui aux politiques de santé régionales.

Au nombre de 12 en métropole et 4 en Outre-mer (Antilles, Guyane, Mayotte et Océan Indien), les 16 Cellules régionales sont le représentant unique en région de Santé publique France et à ce titre représentent l’ensemble des missions de Santé publique France.

Missions / Contenu du poste

La surveillance génomique du SARS-CoV-2 est aujourd’hui l’un des piliers de la lutte contre l’épidémie à l’échelle nationale et mondiale. 

Santé Publique France et l’ANRS ont mis en place en 2021 un consortium (EMERGEN) pour déployer sur le territoire national un système de surveillance génomique des infections (virales, mais aussi à plus long terme bactériennes, fongiques, parasitaires). Ce consortium associe de nombreux partenaires dont des plateformes de séquençage à haut-débit (en particulier celles du CNR Virus des infections respiratoires) et l’Institut français de bioinformatique ; des capacités locales de séquençage (publiques ou privées) sont aussi mobilisées. La première phase de ce projet (2021-2022) est exclusivement consacrée au SARS-CoV-2. Il intègre des activités de surveillance conduites sous l’égide de Santé publique France, et des activités de recherche conduites sous l’égide de l’ANRS-Maladies Infectieuses Emergentes. 

Les grands axes du projet EMERGEN sont les suivants :

• Identifier la part des différents variants circulant sur le territoire (Enquête Flash) ;
• Détecter d’éventuels nouveaux variants par l’analyse régulière de la base EMERGEN-DB et les caractériser en lien avec le CNR ; classer ces différents variants sous forme d’analyses de risque ;
• Nourrir des projets de recherche à partir de capacités de séquençage renforcées et de données de génomique normalisées, centralisées et partagées. 

Dans le cadre de ce projet, un réseau de laboratoires a été mis en place au niveau régional afin de compléter les capacités de séquençage nationales et d’assurer une bonne représentativité de l’activité de séquençage aux différents échelons géographiques (régions, départements) ; ce réseau a aussi pour objectif de mieux cadrer les indications de séquençages conformément aux directives nationales.

Activités :

L’épidémiologiste, placé.e sous l’autorité du responsable de la Cellule Régionale, sera en charge d’animer le réseau des cellules régionales ultramarines dans le cadre de la surveillance génomique du SARS-CoV-2…). Il/elle devra s’assurer de la qualité des données transmises, de monitorer les résultats et la diffusion des variants sur chacun des territoires. Il/elle sera responsable de la mise en œuvre de la rétro-information nécessaire au bon fonctionnement des réseaux de surveillance en étroite collaboration avec les cellules régionales concernées. Il/elle assurera également le lien entre ces activités régionales et l’équipe en charge de la surveillance des variants du SARS-CoV-2 et de la coordination du projet EMERGEN au niveau du siège de l’agence.

L’épidémiologiste contribuera, en tant que de besoin, aux autres travaux de la Cellule Régionale portant sur la réponse spécifique apportée dans le cadre du Covid-19. 

Il/elle participera à toute activité entrant dans les missions de l’Agence et dans le champ de ses compétences si cela s’avère nécessaire, en situation d’urgence, de crise ou de nécessité de service. L’agent pourra être amené à participer à d'autres projets en tant que de besoin. 

Compétences requises / profil attendu

 - Formation scientifique Bac + 3 à Bac + 5 en épidémiologie

- Expérience professionnelle souhaitée dans une structure d'épidémiologie ou de santé publique. Expérience souhaitée de gestion de bases de données

Il est attendu pour ce poste :

• Maîtrise de logiciel de statistiques (R, STATA…) ;
• Maîtrise de la gestion de base de données ;
• Maîtrise des méthodes et techniques d’épidémiologie d’intervention ;
• Aptitude à l’animation de réseaux ;
• Rigueur scientifique ;
• Qualités relationnelles, aptitudes au travail d’équipe ;
• Autonomie et esprit d'initiative ;
• Capacités de communication orale et écrite ;Pratique des logiciels épidémiologiques et statistiques généralistes

Adresser les candidatures (lettre de motivation + cv) en indiquant la référence de l’annonce par courriel :