L’expertise destinée à évaluer les risques sanitaires s’est organisée au sein d’agences autonomes de l’État, à la suite des diverses crises qu’a connues la France en matière de santé publique. Pour autant, la pratique montre que la séparation institutionnelle entre expertise et décision n’évite pas les ambigüités entre l’évaluation des risques sanitaires et leur gestion par les pouvoirs publics. Ainsi, des tensions peuvent apparaître entre État et agences chargées de l’expertise, lorsque les avis qu’elles émettent contiennent des recommandations sur la conduite à suivre. Par ailleurs, si les règles juridiques garantissant l’indépendance des experts dans le domaine sanitaire sont nombreuses, leur application soulève de nombreux problèmes concrets. Le nombre et la nature des liens d’intérêts entre les experts et les professionnels du secteur concernés, rendent compliquées l’appréciation d’éventuels conflits d’intérêts et leur gestion. Le fonctionnement collégial des instances d’expertise ne compense qu’en partie ces difficultés. Enfin, l’association des « parties prenantes », concernées par les résultats de l’expertise, suscite des débats qui sont loin d’être tranchés. Facteurs d’enrichissement des connaissances pour certains, la participation d’experts « profanes» est vécue par d’autres comme une menace pour la qualité et l’impartialité de l’expertise. Quelle que soit l’approche privilégiée, l’actualité récente montre que les parties prenantes jouent un rôle essentiel dans la surveillance et l’évaluation des risques sanitaires.